Variante Ómicron (B.1.1.529)
La variante Ómicron (B.1.1.529) o BA.1, detectada por primera vez en Botsuana [1], se está propagando ahora rápidamente en varias zonas de Sudáfrica. La secuenciación del genoma sugiere que casi el 75% de todos los casos nuevos pertenecen a esta categoría, reemplazando casi por completo la variante delta prevalente.
El Ministerio de Salud de Sudáfrica hizo sonar la alarma el 25 de noviembre durante una rueda de prensa. Antes de esto, Botsuana y Sudáfrica juntos habían informado solo alrededor de 10 casos confirmados de la variante, y se detectó uno en Hong Kong en una persona que había viajado desde Sudáfrica [2].
Sin embargo, los científicos estiman que la nueva variante se ha detectado en hasta el 90% de los casos de la provincia de Gauteng en Sudáfrica, que informa casi 1.000 infecciones por la COVID-19 al día. La tasa de positividad de las pruebas de la provincia ha aumentado de menos del 1% al 30% en las últimas tres semanas.
Debido a este aumento, la secuenciación de la COVID-19 se ha concentrado en muestras de Guateng. Casi todas las muestras recientes de allí (77) han sido esta nueva variante (puntos azules), tomando el relevo de un fondo de delta (rojo) y C.1.2 (también una variante preocupante, amarillo).
El sesgo de las secuencias hacia Guateng significa que parece que BA.1 está reemplazando rápidamente a delta (rojo) y C.1.2 (amarillo) en el gráfico de casos secuenciados, pero existen pocas muestras.
Sin embargo, hay un golpe de suerte: también tiene "abandono del gen S" como lo hizo alfa, lo que significa que podemos rastrearlo en todos los casos positivos de PCR que usaron un tipo específico de prueba (TaqPath). Esto significa datos en tiempo real mucho mejores.
PERO ahí es donde terminan las buenas noticias, porque los datos de abandono del gen S sugieren que está aumentando rápidamente en toda Sudáfrica; y en un desglose regional, verá el mismo pico vertical en casi todas las regiones. Este caso de viajero positivo de SA en Hong Kong sugiere que BA.1 ya está muy extendido en SA y que otras regiones podrían seguir el ascenso de Guateng pronto.
El gran aumento en estos gráficos es muy preocupante y sugiere que BA.1 podría tener ventajas significativas sobre delta y C.1.2. Aún no se conoce cuál es exactamente esta ventaja y cómo se descompone entre el escape inmune y la transmisibilidad. Sabemos que BA.1 tiene muchas más mutaciones (50 en total) que otras variantes *y* tiene mutaciones observadas en otras variantes que están asociadas con TANTO una mayor transmisibilidad y un escape inmune. Es el número y tipo de mutaciones lo que preocupa a virólogos e inmunólogos [3].
La Organización Mundial de la Salud (OMS) clasificó a la variante BA.1 como variante de preocupación (VOC, por sus siglas en inglés) y la nombró Ómicron, de acuerdo con los protocolos de nomenclatura [4].
El 27 de noviembre de 2021, investigadores italianos del Ospedale Pediatrico Bambino Gesù realizaron la primera foto de las mutaciones de la variante ómicron en la proteína de la espícula y su comparación con la variante delta [5]. La variante ómicron tiene muchas más mutaciones que la variante delta concentradas en un área que interactúa con las células humanas. Los puntos rojos indican las áreas con muy alta variabilidad, los naranjas con alta variabilidad, los amarillos con mediana variabilidad, los verdes y celestes con baja variabilidad. La zona gris es la que no varía. Esto no significa automaticamente que estas variaciones sean más peligrosas, simplemente que el virus se ha adaptado aún más a la especie humana al generar otra variante.
Al 28 de noviembre de 2021, la variante ómicron ha sido detectada en Sudáfrica (109 casos confirmados), Botsuana (19 casos confirmados), Países Bajos (13 casos confirmados), Reino Unido (3 casos confirmados), Israel (2 casos confirmados), Canada (2 casos confirmados), Hong Kong (2 casos confirmados), Australia (3 casos confirmados), Dinamarca (2 casos confirmados), Austria (1 caso confirmado), Italia (1 caso confirmado), Bélgica (1 caso confirmado), República Checa (1 caso confirmado) y Alemania (1 caso confirmado). Francia tiene 8 casos probables y Suiza tiene 1 caso probable [6].
En resumen, no hay evidencia definitiva sobre la ventaja de la transmisión o el escape inmunológico, pero existen muchos motivos para sospechar de ambos. En unas dos semanas, probablemente tendremos más datos y respuestas en relación a estos puntos.
Referencias
[1] https://doi.org/10.1038/d41586-021-03552-w
[2] https://youtu.be/Vh4XMueP1zQ
[3] https://twitter.com/chrischirp/status/1463885539619311616
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