COVID-19 y variantes recombinantes

Los programas de vigilancia genómica del SARS-CoV-2 de muchos países (e.g., Sudáfrica, Dinamarca, UK, entre otros) han permitido a la comunidad científica determinar nuevas variantes, sub-linajes y últimamente recombinaciones de estas.

Desde la aparición de la variante ómicron, se han determinados distintos sub-linajes que difieren entre ellos genéticamente, es decir mutaciones especificas en distintos aminoácidos ya sea en la proteína de la espícula y en otras proteínas del SARS-CoV-2. Estas mutaciones les proporciona, en cierta forma, una ventaja de crecimiento y ser más transmisible.

Actualmente, la variante ómicron tiene los siguientes sub-linajes: BA.1; BA.1.1; BA.2; BA.2.12; BA.2.12.1; BA.3; BA.4 y BA.5 [1]. Los nuevos sub-linajes BA.4 y BA.5 se han detectados en Sudáfrica, Botsuana, Bélgica, Alemania, Dinamarca y Reino Unido. Los primeros indicios de que estos nuevos sub-linajes están aumentando como parte de los casos confirmados genómicamente en Sudáfrica. No hay motivo de alarma ya que no hay un aumento importante en los casos, admisiones o muertes en Sudáfrica. Hoy, el sub-linaje con mayor circulación es el BA.2. 

Las diferencias más notables entre BA.1, BA.2, BA.4 y BA.5 se muestran a continuación. La esencia es clara:

- BA.4 y BA.5 tienen tres (3) substituciones en el domino de unión al receptor (RBD por sus siglas en inglés) y una (1) eliminación de diferencia con BA.2.

- BA.4 y BA.5 no tienen diferencias en la proteína de la espícula.

- BA.1 es mucho más diferente a BA.2, BA.4 y BA.5.

Virus recombinantes

En general, un virus recombinante es una combinación de dos variantes previamente existentes. Se puede producir de forma natural o mediante la combinación de fragmentos de ADN utilizando tecnología de ADN recombinante.

En el caso del virus SARS-CoV-2, se ha determinado que las recombinaciones se dividen en dos (2) categorías:

 

- delta x BA.1 (al que los medios de comunicación se refieren inútilmente como deltacron)

- BA.1 x BA.2

 

Es decir que las variantes recombinantes comparten el material genético de dos variantes o sub-linajes, que en el caso de las variantes híbridas que circulan actualmente es ómicron y delta. Dado que tanto la delta como la ómicron son altamente transmisibles y preocupantes, la comunidad científica está atenta a los recombinantes emergentes.

En las últimas semanas, la comunidad científica ha analizado las secuencias reportadas en la GISAD y se han identificado diversas variantes recombinantes. A continuación, un breve resumen de las variantes recombinantes con sus linajes PANGO:

1) XD (FR delta x BA.1)

2) XE (UK BA.1 x BA.2)

3) XF (UK delta x BA.1)

4) XG (DK BA.1 x BA.2)

5) XH (DK BA.1 x BA.2)

6) XJ (FI BA.1 x BA.2)

7) XK (BE BA.1 x BA.2)

8) XL (UK BA.1 x BA.2)

9) XM (NL/DE BA.1.1 x BA.2)

10) XN (UK BA.1 x BA.2)

11) XP (UK BA.1.1 x BA.2)

12) XQ (UK BA.1.1 x BA.2)

13) XR (UK BA.1.1 x BA.2)

14) XS (US delta x BA.1)

Por ejemplo, XD es un linaje correspondiente a delta francesa x BA.1. XD fue secuenciada y verificada por el Instituto Pasteur, Francia. XD contiene la proteína de la espícula de BA.1 y el resto del genoma de la variante delta. Sorprendentemente, XD muestra un fenotipo de patogenicidad intermedia entre BA.1 y delta en ratones K18 [2].

XE es un linaje correspondiente a BA.1 británica x BA.2. XE fue secuenciada y verificada por UKHSA, Reino Unido. XE contiene la proteína de la espícula y las proteínas estructurales de BA.2, pero la parte 5’ de su genoma de la BA.1 británica.

XF es un linaje correspondiente a delta británica x BA.1. XF fue secuenciada y verificada por UKHSA, Reino Unido. XF contiene la proteína de la espícula y las proteínas estructurales de BA.1, pero la parte 5’ de su genoma de la delta británica.

Algunos de los linajes recombinantes tienen curiosamente puntos de interrupción en ORF1ab. XP es interesante ya que en realidad tiene la proteína de la espícula de BA.1.1 (i.e., R346K).

De acuerdo con el último informe técnico de UKHSA, XE muestra una ventaja de la tasa de crecimiento continuo sobre BA.2 de entre 10 y 20% (similar al AY.4.2 sobre delta en el 2021). Sin embargo, los datos aún son bastante preliminares [1].

¿Deberíamos estar preocupados?

Como todo en la era del SARS-CoV-2, no hay una respuesta simple. Pero para que sea una respuesta simple: si estamos inmunizados (por infección natural y/o vacuna) y saludables, no deberían preocuparnos las variantes recombinantes. Si no estamos inmunizados y/o tenemos comorbilidades, hay un motivo de preocupación.

Ya se está trabajando para caracterizar estos linajes recombinantes y comprender sus propiedades. Actualmente, todos estamos alertados pero no preocupados.

Para más información sobre los distintos linajes recombinantes: https://github.com/cov-lineages/pango-designation/issues

Referencias

[1] UK Health Security Agency (2022). SARS-CoV-2 variants of concern and variants under investigation in England. Technical briefing 40. URL: https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/1067672/Technical-Briefing-40-8April2022.pdf

[2] Simon-Loriere, E., Montagutelli, X., Lemoine, F., Donati, F., Touret, F., Bourret, J., ... & Danish COVID-19 Genome Consortium. (2022). Rapid characterization of a delta-omicron SARS-CoV-2 recombinant detected in Europe. Research Square. doi: 10.21203/rs.3.rs-1502293/v1

This article is a preprint and has not been peer-reviewed.