Variante XBB.1.5

Como todos los que han estado siguiendo los sub-linajes de ómicron del SARS-CoV-2 en los últimos meses, hay un enjambre de nuevos sub-linajes. Uno de ellos es XBB, que es un recombinante (fusión) de 2 sub-linajes diferentes de BA.2 [BJ.1 (BA.2.10.1.1) y BA.2.75 (BA.2.75.3.1.1.1)], representadas a continuación tanto por el árbol y mapa de mutaciones [1].

Emma Hodcroft también tiene un excelente diagrama para mostrar la recombinación entre los 2 sub-linajes que dieron como resultado XBB [2].

Ahora parece que en el estado de Nueva York (USA), XBB evolucionó aún más a XBB.1.5 con nuevas mutaciones, que JP Weiland notó acertadamente por primera vez hace un par de semanas, coincidiendo con el comienzo de un fuerte aumento de hospitalizaciones allí [3].

La mutación clave de XBB.1.5 es claramente F486P, que había sido identificada hace muchos meses por el laboratorio de Bloom como una que estaría relacionada con el escape de inmunidad y Ryan Hisner escribió extensamente en agosto [4]. Como puede ver en el mapa de variantes convergentes de los descendientes BA.2 de Daniele Focosi, XBB.1.5 es uno de los que adquieren la mutación F486P.

De todas las variantes en la combinación actual, XBB.1.5 tiene la mayor ventaja de crecimiento frente a BA.5 con una caída sustancial para los demás, como se ve en la tabla de espectro Cov a continuación, y una gran cantidad de muestras secuenciadas para reducir los intervalos de confianza [5].

Ahora eso se está desarrollando en Nueva York y las regiones del noreste de los Estados Unidos. Aquí está la combinación de variantes más actualizada en Nueva York hasta el 17 de diciembre que muestra el aumento de XBB [6].

En la nueva vigilancia genómica de los Centros para el Control y Prevención de Enfermedades (CDC, por sus siglas en inglés), puede ver el aumento de XBB que ahora ha atrofiado el patrón de crecimiento de BQ.1. Es decir, el dominio de BQ.1 es estático mientras que XBB está en movimiento [7].

Puede ver esto mejor en las regiones del noreste, donde XBB ya se ha vuelto dominante (> 50%), un salto desde ~35 % la semana pasada. Si bien no existen los datos de secuencia para decir que es la variante XBB.1.5 específicamente, todas las indicaciones sugieren que de hecho lidera el grupo dentro de los XBB.

Si XBB.1.5 tiene una ventaja de crecimiento tan rápido sobre BQ.1.1, no es una buena señal. Sabíamos por Cao y colaboradores [8] que XBB y BQ.1.1 se encontraban entre los sub-linajes evasivos más inmunes vistos hasta la fecha, pero Ho y colaboradores [1] establecieron que la evasión inmune para XBB.1 es más que BQ.1.1 (y XBB.1.5 no ha sido todavía caracterizado, probablemente más que XBB.1). Cao y colaboradores recien compartieron nuevos datos que demuestran que XBB.1.5 no es más inmune evasivo que XBB, pero tiene un vínculo más estrecho con su receptor de la enzima convertidora de angiotensina (ACE2, por sus siglas en inglés), lo que explicaría su mayor nivel de transmisibilidad [9].

BB.1.5 no es una adición bienvenida a la temporada navideña, por decir lo menos. El objetivo de este post es dar a conocer su existencia y trayectoria, y mantener la guardia alta. Espero que encuentre útil esta información y perspectiva.

 

Les deseo unas felices fiestas y lo mejor para 2023.

Referencias

[1] Wang, Q., Iketani, S., Li, Z., Liu, L., Guo, Y., Huang, Y., ... & Ho, D.D. (2022). Alarming antibody evasion properties of rising SARS-CoV-2 BQ and XBB subvariants. Cell. doi: 10.1016/j.cell.2022.12.018

[2] https://twitter.com/firefoxx66/status/1587762412110974976

[3] https://twitter.com/JPWeiland/status/1603526668945088513

[4] https://twitter.com/longdeserttrain/status/1556473620364419074

[5] https://cov-spectrum.org/collections/24

[6] https://coronavirus.health.ny.gov/covid-19-variant-data

[7] https://covid.cdc.gov/covid-data-tracker/#variant-proportions

[8] Cao, Y., Jian, F., Wang, J., Yu, Y., Song, W., Yisimayi, A., ... & Xie, X.S. (2022). Imprinted SARS-CoV-2 humoral immunity induces convergent Omicron RBD evolution. Nature. doi: 10.1038/s41586-022-05644-7

[9] https://twitter.com/yunlong_cao/status/1607915567696203776